Pôvodne termín pochádza z názvu „meta ta fysika“, ktorým pomenoval Androníkos z Rhodu (1. storočie pr. Kr.) Aristotelovo dielo, ktoré nasledovalo po (gr. meta) Fyzike – dnes je nazvané Metafyzika (tento spôsob písania sa objavuje až v stredoveku a predpona meta mení teda zmysel a označuje tiež to, čo fyziku presahuje).

V tejto súvislosti je to veda o súcne ako bytí, to je prvá filozofia ako znalosť božských vecí práve tak, ako princípu vied a jednania.

V stredoveku (predovšetkým u Tomáša Akvinského) scholastické „zmierenie“ Biblie s Aristotelom urobí z metafyziky tú časť filozofie, ktorá presahuje empirickú skutočnosť, aby vyústila v poznávanie božských a transcendentných (nadzmyslových) skutočností, ale len púhymi cestami rozumu a nezávisle na zjavení (ktoré zakladá teológiu). Od tej chvíli rozoznávame obecnú metafyziku (ontológiu) a špeciálnu metafyziku, ktorá sa ďalej delí na racionálnu kozmológiu (teórie svetla a hmoty), racionálnu psychológiu (teória duše) a racionálnu teológiu (poznanie/známosť o Bohu a výpočet dôkazov jeho existencie).

Takto chápaná metafyzika znamená u Descarta poznávanie Boha a duše „prirodzeným rozumom“. Jej ctižiadosťou je dosiahnuť/dopracovať sa absolútna či už ontologického alebo duchovného. (Toto poznanie pomocou absolútna rozumu bude Bergson pripisovať intuícii).

V rámci Kantovej kritickej filozofie je do metafyziky zahrnutý súbor všetkého poznania, dosiahnutého – nezávisle na skúsenosti – len náležite vybrúseným rozumom.

Marxistické myslenie tento termín s obľubou používa v hanlivom zmysle (synonymum nemenného a nadčsového bytia) v protiklade k dialektike: je to teda varianta ideológie.

Existencionalizmus je hľadanie celkového zmyslu ľudskej existencie, ktoré však nepripúšťa žiadnu uzavretú doktrínu, lebo zmyslom existencie (podľa neho) je smerovanie k slobode: pre existencionalizmus teda metafyzika vrcholí činom alebo mravnosťou.